Nói đến tìm tòi nghiên cứu cũng là nói đến óc tò mò thắc mắc. Mà nguồn gốc của thắc mắc chính là óc nghi ngờ, dám đặt câu hỏi trên cả những gì mà thói thường, của số đông hay của chính mình, cho là hiển nhiên, chân lý. Ngắn gọn, khác với các 'tôn giáo thần khải' (religion) cho rằng nguồn gốc của sự biết là đức tin, khoa học cho rằng nguồn gốc đó chính là sự nghi ngờ. Và Kinh 'Ðại Nghi Tình' của nhà Phật cũng nói : "nghi lớn, giác ngộ lớn; nghi nhỏ, giác ngộ nhỏ; không nghi, không giác ngộ"(2). Và chính Ðức Phật cũng hằng lưu ý đệ tử của Ngài hãy luôn xác nghiệm thực tế mọi điều Ngài nói, để không còn nghi ngờ gì nữa, chứ đừng tin nơi chúng chỉ vì cả nể đạo đức của Ngài.
Không phải chỉ khuyên, mà Ðức Phật còn tạo điều kiện để mỗi người giữ được óc nghi ngờ và tinh thần tự do phán xét, bằng cách không trả lời, hoặc không đưa ra câu trả lời xác định, về những câu hỏi liên hệ đến những vấn đề trừu tượng, như các câu hỏi về 'Niết bàn', về nguồn gốc của vũ trụ chẳng hạn, vì ý thức rằng những câu trả lời xác định thường chỉ tạo nơi người nghe một loại đức tin. Ðức Phật chỉ truyền đạt một phương pháp, hay một con đường, theo đó mỗi người có thể tự tiến đạt đến 'niết bàn' bằng chứng nghiệm thực tế. Vì vậy, trong Phật giáo, cũng như trong khoa học, không có mặc khải (révélation), không có những lời nói có giá trị tuyệt đối, cũng không có những đức tin không thể kiểm nghiệm được. Phật giáo không phải là một 'tôn giáo thần khải'.
Thực ra, người ta chỉ nói 'tin' đối với những gì còn mơ hồ, không biết chắc; không ai nói 'tin' nơi sự hiện hữu của Mặt Trời, chẳng hạn, vì đó là thực tại hiển nhiên mà, ai ai cũng sống với ánh sáng và sức nóng của nó, và ai ai cũng có thể kiểm nghiệm được bằng phương pháp thực nghiệm khoa học. Có thể nói rằng : cái gì có thực đều có thể được đặt thành đối tượng nghiên cứu khoa học, tức là đều có thể nhận biết được bằng trí ('trí tri', dù không toàn diện); ngược lại, cái gì không thể nhận biết được bằng trí, thì chắc chắn nó không có thực. Và mọi việc nghiên cứu, vì đều phải bắt đầu từ chỗ xác định đối tượng, nên cũng phải bắt đầu từ chỗ phân biệt ('cách vật') cái có thực với cái không có thực (hay chỉ là khái niệm do con người tạo ra).
Ví dụ như : Thiên Chúa - xuất phát từ quan niệm cho rằng "có một đấng thần đã tạo ra vũ trụ vạn vật, và tạo ra con người theo hình ảnh của thần" (théomorphisme), Thần Tản Viên của núi Ba Vì - xuất phát từ quan niệm cho rằng "chính con người tạo ra các thần theo hình ảnh của mình" (anthropomorphisme), tuy đều do con người quan niệm nên, nhưng cả hai đều là khái niệm trừu tượng không kiểm nghiệm được, nên cũng không thể là đối tượng của tư duy thực nghiệm khoa học. Ðối với các đối tượng loại này có thể giữ thái độ, như Khổng Tử đã làm : kính nhi viễn chi. Nhưng niềm tin của một số người nơi Thiên Chúa này, và ảnh hưởng của nó trên cách sống và cách suy nghĩ của số người đó, là có thực, không thể phủ nhận được. Cũng thế, núi Ba Vì và sông Tô Lịch trong cảm nhận của người Việt, khác với núi sông theo địa lý học và vật thể học, cũng là thực tại kiểm nghiệm được, tức là có thể nhận biết được bằng lý trí.
Cũng cần phân biệt những gì thuộc thế giới tự nhiên (la nature) với những gì do con người tạo ra, còn gọi là những định chế nhân văn và xã hội (la culture). Ðàn ông và đàn bà, chẳng hạn, là thuộc tự nhiên, nhưng vợ và chồng (gia đình) là những định chế nhân xã. Chính con người tạo ra những định chế này để điều hòa cuộc sống xã hội; và, qua đó, con nguời được giải phóng dần khỏi bản năng thú tánh tự nhiên của mình, để ngày càng người hơn (tuy cũng có những định chế làm cho con người trở thành nô lệ). Như, ở đâu đó (hình như trong quyển Fondement du pouvoir de jugement) Emmanuel Kant có viết, đại thể như : con người bắt đầu phát triển khi biết tự tạo ra những chuẩn mực (để xác định sự vật) và những giá trị (để tổ chức cuộc sống chung xã hội).
Theo tinh thần Phật giáo, và theo tinh thần khoa học ngày nay, câu trên cần phải được thêm rằng : nhưng không phải những chuẩn mực và những giá trị là quan trọng, lại càng không phải là những chuẩn mực và những giá trị mà Phật, hay Khổng, hay Giêsu... đã đưa ra cách đây 20 hoặc 25 thế kỷ, điều quan trọng chính là khả năng nơi con người; mà nhờ đó con người của mỗi thời đại có thể tạo ra những chuẩn mực và những giá trị để tổ chức cuộc sống của mình, thể theo những điều kiện của thời cảnh và của trình độ tiến hóa. Tương tự như vậy : không phải những khám phá của người xưa là quan trọng, nhưng chính những phương pháp khảo cứu mà nhờ đó người xưa khám phá được những điều mới mẽ mới là điều đáng học. Cách học này đúng cho cả giới nghiên cứu khoa học và giới những người học Phật.
Khi đối tượng nghiên cứu được xác định, mọi công trình tìm tòi nghiên cứu đều có điểm khởi đầu ở chỗ đặt nghi vấn. Ví dụ như khi cọ xát mạnh hai thanh gỗ khô, lửa sẽ cháy lên. Làm đi làm lại nhiều lần, kết quả đều như thế cả. Ðể tìm hiểu lửa này từ đâu mà có, đại thể, có hai cách đặt nghi vấn :
1/ có lẽ lửa từ trời xuống, hay từ đâu đó ở bên ngoài đến, và
2/ chắc hẳn đã có sẵn trong gỗ, chỉ cần xát mạnh (thực hiện một số điều kiện) thì lửa sẽ bùng lên.
Hai cách đặt nghi vấn trên dẫn người nghiên cứu theo hai hướng khác nhau, cách xa vạn dậm. Cách thứ hai là cách của phương pháp khoa học. Mà cũng là cách của Phật pháp.
Thiền sư Khuông Việt, đời Ðinh và Tiền Lê, trước khi chết, đã để lại cho các đệ tử của ông và cho các đời sau một bài kệ thị tịch, trong đó có mấy câu, như sau :
Mộc trung nguyên hữu hỏa.
Nguyên hỏa phục hoàn sinh.
Nhược thị mộc vô hỏa.
Toàn toại hà do manh.
(Thơ văn Lý Trần, tập I)
Dịch :
Lửa vốn sẵn trong cây.
Nên khi lửa lại đầy.
Nếu trong cây không lửa.
Xát mãi lửa chẳng bày.
(PTH)
Ðúng ra, thiền sư Khuông Việt muốn mượn hình ảnh "lửa có sẵn trong cây" để nói :
Chân lý sẵn trong ta.
Trong tâm có Bụt Ðà.
Niết Bàn trong cỏi sống.
Không thế. Tìm đâu ra!
(PTH)
Nên chỉ cần giữ sự yên tỉnh của tâm mình, cho đến khi không còn bị khuấy động bởi tham sân si và phiền não khác, thì chân lý, Phật, Niết Bàn... sẽ tự hiển lộ, cũng như chỉ cần cọ xát cây đến một độ nóng nào đó thì lửa tự phát sinh. Nhưng qua đó cũng thấy được sự trùng hợp trong cách đặt nghi vấn của Phật pháp và của phương pháp khoa học. Với cách đặt nghi vấn này, và để trau giồi khả năng tiếp cận thực tại, người học Phật và nhà khoa học, cả hai, đều rất dè dặt đối với mọi tín điều, mọi chủ nghĩa (ismes), nhất là đối với loại người "siêu phàm vượt thế" luôn có sẵn những trả lời khẳng định trước khi biết câu hỏi là gì.