Trước nhất, trên bình diện phương pháp luận (méthodologie, và chưa nói đến những khác biệt trong cách thực hành cũng như trong mục tiêu và đối tượng nghiên cứu), chúng ta có thể khẳng định được rằng giữa phương pháp nghiên cứu khoa học ngày nay và Phật pháp có nhiều chỗ tương đồng. Cả hai đều rất có ích cho việc tiến đạt trí tuệ, hay việc tiến dần đến trình độ kiến thức ngày càng mở rộng và chân thật hơn.
Theo quan niệm cổ điển của thế kỷ 19, chỉ với phương pháp nghiên cứu khoa học người ta mới có thể vượt khỏi chướng ngại của suy đoán chủ quan để khám phá từng bước thế giới thực tại. Ðến thế kỷ 20, thập niên 20, nhiều nghi vấn được đặt ra trên tính khách quan khoa học, nhiều nhà khoa học tìm cách hoàn chỉnh các nền tảng của khoa học, nhất là ở bình diện phương pháp luận. Nhờ thế, vào những năm 30, một phương pháp luận mới được thành hình, và trở thành khuynh hướng chủ yếu của khoa học hiện nay, được gọi là phương pháp 'thực nghiệm thuận lý' (empirisme logique), còn gọi là 'tri thức luận' (l'épistémologie).
Chữ 'épistémè', gốc Hy Lạp, đồng nghĩa với chữ 'science', có nghĩa là 'cái biết', hay 'tri thức'; cũng có nghĩa là 'cái học', được chia thành nhiều 'khoa', hay nhiều 'môn', nên cũng được gọi là 'khoa học'. Mà "khoa học là lý thuyết (hay lý lẽ) về thực tại - la science est la théorie du réel", và phương pháp luận này, một cách ngắn gọn, gồm 2 bộ phận nền tảng : quan sát thực tại và thuận lý hóa; với 4 giai đoạn nối tiếp như sau :
1/ quan sát và thu thập dữ kiện quan hệ đến đối tượng;
2/ ghi chép lại những điều quan sát được dưới dạng một ngôn ngữ thuận lý, tiến đến việc thành hình giả thuyết khái quát (có thể dưới dạng công thức đơn giản) nhằm giải thích cách thuận lý tương quan giữa những dữ kiện quan sát được;
3/ từ giả thuyết được thành hình, tiên đoán những gì sẽ xảy ra, nếu tiến trình trở thành của đối tượng được diễn ra cách bình thường hoặc trong những điều kiện ấn định trước;
4/ kiểm nghiệm thực tế để xác chứng những tiên đoán đó. Trên bình diện phương pháp luận thì chỉ đơn giản như vậy. Nhưng trong thực tế lại có nhiều cách tiếp cận vấn đề khác nhau, tùy theo loại đối tượng và tùy theo trình độ khác nhau của người nghiên cứu.
Có thể chia trình độ của người nghiên cứu làm 3 loại. Loại người thứ nhất, chỉ biết tin theo những gì do người khác truyền bá ra, hay của người xưa để lại, và xem đó là chân lý. Chẳng hạn như, ở thời Trung cổ, họ chỉ biết tin theo những khẳng định được Giáo Hội Catô giáo truyền bá; hoặc như, khi tiếp nhận được những gì của Aristote để lại, họ cho đó là nguồn của mọi sự biết; sau đó họ cho các định luật của Newton là nền tảng của tất cả. Loại người này luôn bị 'dị ứng' với những gì mới mẽ, như hầu hết những người đồng thời của Galilée, họ cố đưa ra những quan điểm hòng phủ nhận hay áp chế kết quả quan sát được của Galilée, để bảo vệ đức tin đang hiện hành. Loại người thứ hai có khả năng thích hợp hoá những chủ thuyết hiện hành, để thích ứng với kiến thức mới của thời đại, như trường hợp của Thomas d'Aquin; hoặc của những người đã cố tổng hợp để đưa ra thuyết 'Newton mới' khi không thể phủ nhận được kết quả thực nghiệm về tính tương đối. Và loại người thứ ba là loại người có tinh thần tự do, dám đặt lại câu hỏi trên cả những gì mà số đông cho là chân lý, như trường hợp của Galilée chẳng hạn. Loại người thứ ba rất ít, cả trong giới học Phật và giới khoa học; chỉ ở loại người này mới hy vọng có những khám phá mới mẽ, nhưng tiếc thay, ở mọi thời và bất cứ đâu, họ lại thường bị chèm ép, có khi bị hảm hại.
Galilée đã làm những gì ? Thứ nhất, trong khi hầu hết những người cùng thời cho quan điểm của Aristote là chân lý và tin theo cách mù quáng, Galilée chỉ cho đó là giả thuyết cần được kiểm nghiệm lại. Thứ hai, ông thiết lập những điều kiện cần thiết để kiểm nghiệm những nhận định đó. Thứ ba, sau khi chứng nghiệm rằng chân lý đó sai, ông tiếp tục quan sát đối tượng với một tinh thần hoàn toàn tự do. Và thứ tư, ông hoàn thành một thứ ngôn ngữ (trong trường hợp này là những phương trình toán học) để ghi lại cách trung thực nhất những gì quan sát được và tổng hợp thành lý thuyết mới. Nghĩa là, Galilée bắt đầu ngay ở bước thư tư, rồi trở lại bước thứ nhất và bước thứ hai, của phương pháp thực nghiệm thuận lý nói trên.
Cách tiếp cận vấn đề kiểu của Galilée này thích hợp cho trường hợp đề tài, hay đối tượng, nghiên cứu đã được xác định trước bởi một lý thuyết hay một đức tin có sẵn. - đây, việc làm chủ yếu là phải chứng minh lý thuyết hay đức tin có sẵn đó không còn giá trị, trước khi tiến hành việc nghiên cứu nhằm hoàn thành lý thuyết mới. Trong trường hợp đối tượng nghiên cứu hoàn toàn mới, việc nghiên cứu phải được tiến hành tuần tự theo 4 bước cuả phương pháp như đã nói trên. Có khi, đối với loại đối tượng nghiên cứu hoàn toàn trừu tượng, để nắm bắt được thực tại tối hậu, người nghiên cứu lại phải tiến hành từng bước công việc nghiên cứu, qua việc xác nghiệm những giả thuyết trung gian, giúp đưa ra những giải đáp tạm thời, nó cho phép người nghiên cứu từng bước thỏa mãn một phần óc tò mò tìm hiểu của mình; rồi từng bước siêu vượt khỏi những lý thuyết trung gian đã được thiết lập, để tiến đạt dần đến trình độ kiến thức ngày càng chi li và phức hợp, ngày càng mở rộng và chân thật hơn.
Tiến trình phát triển của kiến thức khoa học đã diễn ra cách tuần tự như vậy, theo nhịp độ phát triển của những phương tiện nghiên cứu ngày càng tinh xảo, giúp khoa học tiến sâu dần vào việc nghiên cứu những đối tượng sống động và vi tế, của sự sống nói chung và của con người nói riêng, như các ngành 'sinh học bào tử', 'thần kinh học', 'tâm lý học về sự biết'... Ðược như vậy cũng là nhờ nơi một số ít những nhà khoa học làm việc với tinh thần tự do. Với loại người này, tất cả mọi lý thuyết đã được xác nghiệm có trước đều chỉ là những giả thuyết trung gian (có giá trị giới hạn) mà thôi; và nếu cần họ sẽ xét nghiệm lại trong những điều kiện nghiên cứu mới, dù chúng đã được số đông cho là 'chân lý'.
Kinh nhà Phật có nói đến ngũ uẩn (sắc, thọ, tưởng, hành, thức) và mối quan hệ của chúng. - đây, trong công việc nghiên cứu, ta có thể so sánh sắc với đối tượng nghiên cứu; quan hệ giữa sắc và thọ, với công việc quan sát ở giai đoạn thứ 1; quan hệ giữa thọ và tưởng, với giai đoạn thứ 2; quan hệ giữa tưởng và hành, với giai đoạn thứ 3; và công việc kiểm nghiệm ở giai đoạn thứ 4, với quan hệ giữa hành và thức. Ba giai đoạn đầu trong phương pháp nghiên cứu khoa học nói trên được áp dụng rộng rãi, như mọi người đều biết, trong những 'trắc nghiệm thuận lý' (test logique). - giai đoạn thứ tư, nếu những tiên đoán không được xác chứng, giả thuyết không có giá trị và sẽ bị sửa đổi hay bị loại bỏ, có khi phải bắt đầu lại từ giai đoạn thứ nhất. Nếu chúng được xác nghiệm, giả thuyết được thừa nhận như một định lý và trở thành một bộ phận của kiến thức.
Ở đây, có một điểm cần được lưu ý : cái biết thực nghiệm thuận lý khác hẳn với những suy luận (cũng thuận lý) có tính dự đoán hay giả định. Ví dụ như, các quan điểm của Mác về các loại xã hội 'hậu tư bản chủ nghĩa', dù có được biện giải thuận lý cách mấy, cũng đều là những dự đoán giả thuyết, cho đến khi được xác nghiệm bởi thực tế. Nếu những dự đoán đó không được thực tế lịch sử xác chứng, thì giả thuyết của Mác không có giá trị, hoặc một phần, hoặc toàn diện. Chỉ khi nào chúng được thực tế xác nghiệm, thì giả thuyết mới được thừa nhận và trở thành một bộ phận của kiến thức.
Cứ thế, kiến thức ngày càng dày, có khi nó hằn sâu trong vô thức hay tiềm thức. Và sau đó nó ảnh hưởng trở lại trên khả năng nhận biết và cách quan sát của con người (ở giai đoạn 1, nói trên), nó đóng khung trí tuệ con người và làm cho con người mất hết tự do trong tư tưởng (ở giai đoạn 2 - tạo thành giả thuyết); nó biến thành một loại ống dòm có lắp kính màu mà chỉ qua đó con người tiếp cận với sự vật, tức là con người chỉ còn có thể nắm bắt sự vật theo màu sắc của kính và trong phạm vi giới hạn mà ống dòm cho phép. Không ít những nhà khoa học của thời đại đã ý thức rõ như vậy (từ năm 1962, Thomas S. Kuhn đã ghi rõ điều này trong quyển The Structure of Scientific Revolution, n.x.b. University of Chicago Press).
Tức là, con người không còn khả năng tiếp cận thực tại như chính nó là, trong toàn diện và trong mối quan hệ với toàn thể : thế giới mà trong đó con người sống bị thu hẹp, bị biến màu..., nhưng vì vô minh (danh từ nhà Phật), hay vì không ý thức được như vậy, nên con người cho đó là thực tại, gán cho nó đủ loại ý nghĩa và giá trị, gán cho mỗi sự mỗi vật một bản thể (logos), rồi bám giữ vào đó với đủ thứ tình cảm và xây dựng lý lẽ cho sự hiện hữu của mình, tức xây dựng cái gọi là bản thể, hay 'tiểu ngã', đầy ảo mộng của mình. Ðến đây chắc hẳn mọi người đều có thể hiểu được tại sao Ðức Phật kêu gọi mọi người hãy 'diệt' bỏ cái 'ngã' và thế giới ảo ảnh do thói quen 'tập' thành này, vì đó là nguồn gốc của 'khổ' đau, để giải phóng chính mình, hầu có thể đạt đến kiến thức chân thực ('đạo') trên 'thực tại luôn sống động và mãi mãi đang trở thành'.
Ngày nay, không ít những nhà khoa học đã ý thức rằng : cái biết thuận lý khoa học không phải là cái biết duy nhất, nên cũng không thể là cái biết toàn diện, tức cũng không thể là cái biết chân thực. Ðúng vậy. Nhưng, cũng không thể có cái biết chân thực và toàn diện nếu không có cái biết thuận lý khoa học.