Sau sự suy tàn của hai nền văn minh Hylạp và Rôma, từ thế kỷ thứ 4 đến thế kỷ thứ 10, châu Âu chìm đắm trong thời kỳ được nhiều sử gia gọi là đen tối (ténèbres). Kiến thức huy hoàng của hai nền văn minh Âu châu nói trên bị thu cất trong những tu viện Catô giáo. Âu châu bị ngự trị bởi quan niệm của tôn giáo có nguồn gốc Trung Ðông này, cho rằng thế gian là ghê tởm và có một thế giới khác được gọi là 'Vương quốc của các Tầng Trời' (Royaume des Cieux). Sau đó, vào đầu thế kỷ 11, Âu châu bắt đầu thức dậy, nhờ phần lớn nơi việc khám phá lại những tài liệu cũ của văn minh Hylạp, nhất là của Aristote. Một trong những hậu quả của việc đọc lại triết học của Aristote là người Âu châu bắt đầu tìm thấy lại nền văn minh truyền thống của mình, bắt đầu nhận định lại thế gian có những thực tại riêng của nó, những phương cách và những qui luật vận hành riêng, mà con người có thể hiểu được nếu biết sử dụng tốt khả năng quan sát của giác quan và khả năng suy luận của lý trí. Người Hylạp có khả năng quan sát thiên nhiên rất tinh tế, nhưng vào thời đó người Âu châu hoàn toàn tin tưởng nơi những tài liệu xưa vừa tìm thấy lại và xem đó như là nguồn của mọi kiến thức. Họ chỉ biết học lại bằng cách sao chép nguyên bản, thay vì học cách quan sát thiên nhiên của người xưa. Từ đó sinh ra sự đối đầu giữa hai loại đức tin : một bên là tin nơi một thiên quốc (royaume céleste), có thể nhận biết được bằng đức tin và mặc khải, với bên kia là tin nơi một địa quốc (royaume terrestre), có thể nhận biết được bằng giác quan và lý trí.
Cuộc tranh luận kéo dài, nhưng nhờ cả hai, trên thực chất, đều xây nền trên quan điểm xác định (hay thường hằng) về vũ trụ nên, vào thế kỷ 13, Thomas d'Aquin đã có thể tổng hợp được hai quan niệm và hai thế giới nói trên, đưa đến lý thuyết về một vũ trụ với trái đất nằm ở trung tâm, bao quanh bởi 9 vòng cầu là nơi di động của các hành tinh, với vòng cầu thứ 10 ở xa hơn và bất động (ổn định) là nơi cư ngụ của Thiên Chúa. Trừ vòng cầu nơi Mặt Trăng di động, 8 vòng cầu kia được xem gần như hoàn chỉnh, vì ở đó các hành tinh di động chậm và đều hơn. Dưới cùng (ở trung tâm) là địa quốc, hoàn toàn không ổn định và không hoàn chỉnh, vì Trái Ðất được cấu thành bằng đất, chất liệu nặng nhất, kế đến là nước, khí và lửa. Vì nằm trong khung cảnh bất ổn của Trái Ðất, các chất liệu này đều không được nằm ở vị trí ổn định tự nhiên của chúng, và tất cả luôn tìm mọi cơ hội để trở về vị trí ổn định tự nhiên; điều này giải thích sự hổn loạn, sự di động không đều; và cũng giải thích vì sao đá rơi xuống và lửa bay lên, khi không có gì kìm giữ. Thế là tư tưởng của Aristote được hội nhập vào chủ thuyết của Giáo hội Catô giáo. Và tổng hợp đề của Thomas d'Aquin này trở thành tư tưởng nền tảng của Âu châu thời trung cổ.
Nhưng ngay khi Thomas d'Aquin đưa ra tổng hợp đề của ông, những nhà thông thái khác đã khai quật ra được, từ những tài liệu của Aristote, một số nghịch lý. Các nghịch lý này, khoảng 3 thế kỷ sau, trở thành mần móng làm sụp đổ toàn bộ hệ thống tư tưởng Âu châu thời trung cổ. Vào thế kỷ 16, Galilée muốn kiểm nghiệm lại quan điểm của Aristote, dù đó là những điều mà người đồng thời của ông cho là chân lý. Theo Aristote, mọi vật đều rơi, nhưng với nhiều vận tốc khác nhau tùy theo trọng lượng của mỗi vật. Galilée muốn kiểm nghiệm định luật này. Ông thử cho lăn trên một mặt phẳng nghiêng nhiều viên tròn có độ lớn bằng nhau nhưng có trọng lượng khác nhau; và ghi nhận rằng tất cả đều lăn với cùng một vận tốc như nhau (cùng khoảng cách, với cũng thời gian). Thế là định luật cho rằng : "vật càng nặng càng rơi nhanh hơn, vì chúng tìm về vị trí của chúng ở trung tâm vũ trụ" bị phủ nhận.
Cũng vào thời đại đó, người ta vừa chế tạo được lần đầu tiên loại kính lồi cho phép thấy xa. Galilée thiết lập một viễn vọng kính. Ông nhìn Mặt Trăng, và thấy nó có nhiều lồi lõm; ông dò sát Mộc tinh, và thấy các vệ tinh (một loại Mặt Trăng) của nó luôn thay đổi vị trí. Kết quả quan sát thực tế này làm cho mô hình nền tảng về sự vận hành của các thiên thể, theo đó Mặt Trăng và Mộc tinh phải hoàn hảo vì là thành phần của thiên quốc, bị đặt thành nghi vấn; tức là chủ thuyết của Giáo hội Catô giáo, của Aristote và của Thomas d'Aquin bị nghi ngờ.
Cùng năm 1642 khi Galilée mất, Isaac Newton ra đời. Newton cho rằng Trái Ðất vận hành theo cùng một qui luật với sự vận hành của Thiên giới, xung quanh Mặt Trời. Tức là, không như trong thế giới của Aristote với vai trò của một Thiên chúa và một linh hồn là cần thiết, trong thế giới của Newton các hành tinh vận hành tự động cách cơ học, theo vài định luật nền tảng được viết dưới dạng những phương trình toán học và không hề có sự tham dự của một Thiên Chúa nào đó.
Suốt hai thế kỷ sau Newton, mãi đến cuối thế kỷ 19, quan điểm xác định của hệ thống tư tưởng được sinh ra bởi Galilée và Newton hoàn toàn được tin tưởng và thành công. Trong vật thể học (physique, dành chữ 'vật lý học' cho physiologie) và hóa học, tức trong lãnh vực của những đối tượng nghiên cứu không phải là sinh vật, nhiều sự kiện được giải thích nhờ lý thuyết của Newton, và người ta thực hiện được nhiều thành quả như ý. Trong sinh học, được thành hình từ thế kỷ 18, người ta cũng tin rằng sinh vật được tạo thành bởi những tế bào (cellules) và chức năng sinh học của nó cũng dựa trên hoạt động của những đơn vị nhỏ cơ bản, tức cũng xây dựng trên một loại lý thuyết nguyên tử. Ðến thế kỷ 19, cũng từ cái nhìn tự động và cơ học của Newton, Charles Darwin xây dựng thuyết tiến hóa, cho rằng, trên thời đoạn rất dài, những sinh vật đơn giản và thô thiển tự động phát triển cách tự nhiên, không cần đến sự hướng dẫn của một sức mạnh thần bí nào cả, để trở thành những sinh vật ngày càng phức hợp và thông minh hơn. Cũng có nghĩa là, trong sự tạo thành loài người, vai trò của Thiên Chúa không còn cần thiết nữa. Từ đó đưa đến cuộc đối đầu gay gắt giữa những tín đồ trung thành Kytô giáo với những môn đồ của thuyết tiến hóa; và cuộc đối đầu vẫn còn tiếp diễn.
Tóm lại, kể từ Newton đến đầu thế kỷ 20, kiến thức khoa học phát triển không ngừng, và phát triển trong lòng cuộc tranh luận rộng lớn giữa một bên là quan điểm Kytô giáo, với một Thiên Chúa là Ðấng Sáng Tạo, và bên kia là quan điểm khoa học. Sự tin tưởng nơi kiến thức khoa học tăng mãi, không ngừng làm giảm nhẹ vai trò của Thiên Chúa. Nhưng sự tin tưởng này có phần hơi bị giản lược hoá, xây dựng trên tư tưởng về sự có thật của một thế giới hoàn toàn khách quan, chỉ gồm không gian, thời gian và những hạt vật chất. Khoa học trở thành một loại đức tin chủ đạo, ở Tây phương trước, rồi lan ra toàn thế giới, cho rằng khoa học thực sự có khả năng tìm thấy chân lý của thế giới thực tại.
Ðến nay đức tin này tuy vẫn còn tiếp diễn, ít ra ở trình độ đại chúng, và cả ở một bộ phận không nhỏ trong giới khoa học không suy nghĩ nhiều về những gì họ làm, nhưng cũng đã giảm bớt nhiều, vì từ những năm 20, thuyết tương đối rồi sự phát triển của 'cơ học lượng tử' (mécanique quantique) đã từng đợt phá mòn dần những nguyên lý nền tảng của thuyết Newton cổ điển và đã đặt lại nghi vấn trên khả năng nhận biết gọi là hoàn toàn khách quan của người nghiên cứu, chưa kể đến những khám phá của các ngành khoa học mới, như 'tâm lý học về sự biết' (psychologie cognitive), 'thần kinh học' (neuroscience), 'di truyền học', 'sinh học bào tử' (biologie moléculaire) v.v...