Trong những nguyên lý căn bản của đạo Phật, những điểm cốt yếu như luật nhân quả, vô thường, vô ngã, và lý duyên khởi, đều được khoa học kiểm chứng hay ít ra công nhận là có căn cứ.
Luật nhân quả, tuy đã có trước đạo Phật nhưng đã được hòa hợp vào giáo lý nhà Phật, chính là một trong những điểm tựa căn bản của khoa học. Bởi vì tất cả những bước tiến của khoa học đều nhằm thiết lập những tương quan từ nguyên nhân tới kết quả giữa các hiện tượng quan sát. Có thể nói rằng cũng như đạo Phật, phần lớn các nhà khoa học, từ Galilei tới Einstein đều theo thuyết quyết định (déterminisme). Sau này mới xuất hiện thuyết vô định (incertitude) của Heisenberg áp dụng trong vật lý nguyên tử, và định lý không thể quyết định (indécidabilité) của Gödel, đặt lại vấn đề căn bản của sự hiểu biết.
Vô thường là một gạch nối giữa Ðông và Tây, bởi vì đồng thời với đức Phật Thích Ca, hiền triết Hy Lạp Héraclite cũng đã nhấn mạnh vào khía cạnh lưu chuyển không ngừng của sự vật (panta rhei) : "Người ta không bao giờ tắm hai lần ở một giòng sông" (và ngay một lần cũng không vì giòng sông luôn luôn biến đổi). Có những triết gia khác như Parménide, Platon, và những tôn giáo thần khải lại quan niệm rằng có những hiện hữu vĩnh cửu, đó là Thượng Ðế, là linh hồn, là tư tưởng. Ðiều đó dĩ nhiên không thể nào chứng minh hay phủ nhận được. Nhưng trong cuộc sống hàng ngày, vô thường là điều được thực nghiệm hiển nhiên nhất. Sinh học cho ta biết mỗi giây phút có vô số biến chuyển trong mỗi động vật, thực vật, và ngay cả khoáng vật. Hàng triệu tế bào sinh ra và chết đi trong mỗi khoảnh khắc, trong da thịt, trong từng bộ phận cơ thể chúng ta. Và ngay cả hàng tỷ nơ rôn mang tư tưởng của chúng ta cho đến hơi thở cuối cùng cũng không ngừng biến đổi. Có thể nói rằng vô thường chính là biểu hiện của thời gian, của sự sống.
Vô ngã là một nét đặc thù tinh hoa của đạo Phật, đồng thời là sợi dây nối liền các ngành Nguyên Thủy và Ðại Thừa. Ngược lai với đạo Bà La Môn cho cái tiểu ngã cá nhân là một thực thể, một phần vĩnh cửu của cái đại ngã tuyệt đối, đức Phật cho cái "ta" chỉ là một ảo tưởng, một sự cấu kết tạm thời bởi ngũ uẩn. Ðức Phật phủ nhận mọi cá nhân như một thực thể có tự tánh, biệt lập khỏi vũ trụ.
Tại Tây phương vào thế kỷ 18, ngược lại với Descartes đặt nền tảng lên trên sự biểu tượng của cái "ta" (cogito, ergo sum), triết gia người Anh David Hume, tuy không biết gì về giáo lý của đức Phật hơn hai nghìn ba trăm năm trước, cũng quan niệm rằng cái "ta" chỉ là một sự tập hợp các khái niệm trong ý thức, nối tiếp nhau một cách liên tục và biến đổi luôn luôn. Sau này, khoa học cũng mang lại nhiều luận chứng cho quan niệm vô ngã : chẳng hạn như cơ thể con người bao gồm hàng chục cơ quan, hàng ngàn bộ phận, hàng tỷ tế bào, càng đi sâu vào phân tích càng không biết đâu là cái "ta". Ngay cả những tư tưởng, những cảm xúc, cũng không biết cái nào có thể gọi là cái "ta". Hơn nữa, cơ thể con người luôn luôn biến chuyển và không ngừng trao đổi với thế giới bên ngoài.
Gọi là bên ngoài, nhưng thực ra là bên trong, bởi vì con người, về thể xác cũng như tinh thần, nằm bên trong một thế giới vĩ đại, và có liên quan ít nhiều với mọi thành phần trong thế giới đó. Nhờ những phát hiện của vật lý vũ trụ, người ta có thể khẳng định rằng con người chỉ là những hạt bụi của những ngôi sao xuất hiện cách đây khoảng 14 tỷ năm. Sau những biến chuyển không ngừng, từ những trạng thái cơ thể đơn bào cách đây 3 tỷ năm, rồi tới các cơ thể đa bào, qua những loài cá, loài bò sát, loài chim, rồi các động vật có vú, các loài khỉ, con người đã xuất hiện trên trái đất này từ 2 triệu năm, cho tới chúng ta ngày hôm nay. Trải qua bao nhiêu đổi thay, phân hóa (différenciation), đấu tranh, thích ứng, loài người đã đạt tới vị trí tột đỉnh nhờ khối óc của mình, có thể gọi là cơ quan tinh vi nhất của sự sống. Nhưng con người cũng không thể quên được rằng mình chính là anh em bà con với thú rừng, chim cá, sâu bọ, cỏ cây và ngay cả sỏi đá. Con người tưởng mình đơn độc giữa hàng triệu loài sinh vật, hàng tỷ tỷ ngôi sao, nhưng thật ra có những sợi dây vô hình nối liền mình, trong không gian và thời gian, với vô số hiện hữu trong vũ trụ. Hiểu được như vậy có lẽ Trần Tử Ngang đã không có câu thơ : "Tiền bất kiến cổ nhân, Hậu bất tri lai giả. Niệm thiên đia chi du du, Ðộc thương nhiên nhi thế hạ". (Ai người trước đã qua? Ai người sau sắp tới? Ngẫm trời đất không cùng. Một mình rơi giọt lệ). Hoặc Blaise Pascal đã không kêu lên : "Le silence éternel de ces espaces infinis m'effraie" (Sự im lặng vô cùng của những khoảng không gian vô tận làm tôi hãi sợ).
Tất cả đều có liên hệ, tương quan mật thiết với nhau, phụ thuộc vào nhau. Ðiều đó được ý thức một cách sáng tỏ trong đạo Phật, qua nguyên lý duyên khởi : "Khi cái này có thì cái kia có, cái này hiện thì cái kia hiện. Cái này không thì cái kia không, cái này diệt thì cái kia diệt" (Trung Bộ Kinh). Cách đây không lâu, vật lý hiện đại đã chứng minh điều đó, qua thí nghiệm quả lắc của Foucault (luôn luôn đi về một hướng, dù đặt ở đâu trong không gian), hay nghịch lý EPR (Einstein, Podolsky và Rosen: khi một hạt nhân bị tan rã thành hai hạt A và B, mỗi hạt dường như "đoán trước" được hướng đi của hạt kia). Các nhà khoa học xác nhận rằng ở cấp vi mô cũng như ở cấp vĩ mô, vũ trụ bao gồm những mối liên hệ hỗ tương và có một trật tự toàn bộ, không phân chia (3). Khi một nhà khoa học nói : "Mỗi thành phần bao gồm toàn thể, và toàn thể phản ánh mỗi thành phần", thì thật ra cũng không khác gì câu thơ của một vị thiền sư : "Một hạt bụi chứa đựng cả vũ trụ. Khi một đóa hoa nở, toàn thế giới hiển lộ". Hay lời của Chandrakirti (Nguyệt Xứng), thuộc trường phái Trung Quán : "Ai nhìn thấy một sự vật sẽ thấy tất cả mọi sự vật. Cái không của một sự vật là cái không của tất cả mọi sự vật".
Ðể tóm tắt lại, chúng ta có thể nói rằng đạo Phật và khoa học có nhiều điểm chung với nhau :
1. Nền tảng đặt lên trí tuệ, tuy rằng khoa học thuần lý trí, và đạo Phật vượt qua khỏi lý trí.
2. Chủ thể là con người, tự mình đạt tới trí tuệ do tu học.
3. Tinh thần phê phán, cởi mở và khoan dung.
4. Tinh thần thực tiễn, thực nghiệm.
5. Một vũ trụ quan trong đó mọi sự vật đều có liên hệ mật thiết với nhau, biến đổi không ngừng, theo những định luật tự nhiên.
Bên cạnh đó, có vài điểm khác nhau là về mục tiêu và đối tượng: khoa học không có chủ đích ngoài sự hiểu biết mỗi ngày một gần hơn sự thật, trong khi đạo Phật lấy giải thoát làm cứu cánh. Khoa học lấy cái "chân" làm tiêu chuẩn, lấy tất cả những gì có thể học hỏi được làm đối tượng. Trong khi đó, đạo Phật không tách rời "chân" và "thiện", và lấy cái tâm của con người làm đối tượng.
Như vậy có thể khẳng định rằng đạo Phật và khoa học trong những nét chính phù hợp với nhau và bổ túc cho nhau. Những kinh nghiệm của đạo Phật không mẩy may chống đối với khoa học, mà còn có thể giúp cho khoa học phát triển, đặc biệt về khoa học tâm thần. Còn những hiểu biết của khoa học cũng không phủ nhận những nguyên lý căn bản của đạo Phật, mà có thể giúp đạo Phật hiện đại hóa, thích hợp với thời đại.
Con người vừa cần đến khoa học, vừa cần đến một con đường hướng dẫn tâm linh. Cách đây 500 năm, khi con người mới bắt đầu đi vào con đường khoa học, nhà văn Rabelais đã mượn lời của nhân vật Pantagruel để cảnh giác: "Science sans conscience n'est que ruine de l'âme" (Khoa học mà không có lương tri chỉ đi tới sự phá sản của tâm hồn).
Ngày nay, khoa học đã lan rộng trong mọi lãnh vực, thấm nhuần mọi khía cạnh của cuộc sống, thay đổi sâu xa lối nhìn của con người. Các nhà khoa học đã lấn dần vào những lãnh vực ngày xưa dành riêng cho các triết gia, các nhà tôn giáo, để lên tiếng về những vấn đề của thời đại. Nhưng, vì sự hiểu biết mỗi ngày một rộng lớn (hiện nay người ta ước lượng cứ mỗi 7 năm sự hiểu biết của nhân loại lại tăng lên gấp đôi), cho nên khoa học không thể nào tránh khỏi sự chuyên môn hóa và sự phân hóa thành những chi nhánh nhỏ tách rời nhau. Chỉ có mở rộng những giao thông liên lạc giữa các ngành khác nhau, mới có thể đi tới một sự hiểu biết toàn diện về cuộc đời. Vả lại, biên giới mỗi ngày một thêm mỏng manh giữa khoa học và triết học, giữa thể chất và tinh thần, giữa ngoại cảnh và nội tâm.