Khoa học dùng lý trí, lý luận để diễn giải, dùng những từ ngữ, biểu tượng để diễn đạt tư tưởng. Những hiểu biết được truyền đạt, thông tin qua những từ ngữ, biểu tượng, và nhờ đó có tính chất phổ biến, trên khắp hoàn cầu và vượt qua các thời đại.
Ðạo Phật dùng lý trí để tìm hiểu giáo lý và gìn giữ giới luật, nhưng lý trí không đủ để đạt tới giác ngộ. Trí tuệ viên mãn (hay Bát Nhã) vượt khỏi phạm vi tri thức thông thường, vượt khỏi ngôn từ, biểu tượng. Ðó là một sự tỉnh thức toàn bộ và đột ngột, một trạng thái tâm linh gọi là "chứng ngộ", có thể thực nghiệm sau một thời gian tu tập.
Chính khoa học hiện nay cũng phải công nhận những hạn chế của lý trí, và khả năng trực giác phát xuất từ tiềm thức con người. Có lẽ "cái chính yếu không thể thấy được"(l'essentiel est invisible pour les yeux), cũng như lời con chồn nói với "Hoàng tử Bé" trong truyện của Saint-Exupéry.
Tinh thần thực tiễn và thực nghiệm
Thái độ của đức Phật Thích Ca không khác gì thái độ của một người thầy thuốc. Chúng ta có thể nhận thấy qua bài giảng đầu tiên của ngài về Tứ Diệu Ðế, một trình tự khoa học, hợp lý và thực dụng, một phương pháp y học gồm 4 giai đoạn: chẩn đoán bệnh, tìm nguyên nhân bệnh, tiên lượng và điều trị bệnh bằng một liều thuốc hữu hiệu. Ðạo Phật chính là đạo thực nghiệm, bởi vì từ cái khổ cho tới cái diệt khổ đều là những kinh nghiệm của cuộc sống, và tu theo đạo Phật chính là tìm cách đi theo con đường đức Phật đã đi qua.
Tại Tây phương, sở dĩ nghiên cứu y học phát triển mạnh mẽ cũng là nhờ phương pháp khoa học thực nghiệm (sciences expérimentales) đề xướng bởi Francis Bacon và Claude Bernard, theo một trình tự gồm 4 giai đoạn: từ quan sát các hiện tượng, rút ra một số sự kiện, rồi tìm ra những định luật giải thích các sự kiện, và sau cùng xét nghiệm để kiểm soát những định luật đó.
Như vậy, chúng ta có thể nói rằng tinh thần thực tiễn và thực nghiệm là những đặc điểm làm cho đạo Phật và các khoa học áp dụng gần gũi với nhau.
Tinh thần phê phán, phá chấp, cởi mở, khoan dung
Ðặc biệt phù hợp với khoa học là tinh thần phê phán của đạo Phật. Phật tử nào cũng nhớ những lời dậy của đức Phật cho người dân làng Kalama, khuyên họ luôn luôn giữ tinh thần phê phán, không chấp nhận một sự thật nào trước khi tự mình kiểm chứng bằng lý trí và thực nghiệm. Tinh thần khoa học chính là tinh thần phê phán, và cũng là tinh thần thực chứng (esprit positif), chối từ những cảm tưởng chủ quan, những truyền thuyết, tin tưởng, những giải thích huyền bí, siêu hình.
Phá chấp, cởi mở và khoan dung, thường liên quan mật thiết với nhau, là những tinh thần cốt tủy trong đạo Phật. Ðức Phật coi con đường mình vạch ra như một phương tiện, như một "cái bè để qua sông", như "ngón tay chỉ mặt trăng", có tính chất vô thường như tất cả mọi pháp môn. Ðạo Phật không dựa lên trên kinh điển, mà chỉ coi kinh điển như những phương tiện giúp người Phật tử hiểu thêm giáo lý. Kinh điển chỉ là những lời dậy được chép lại, truyền từ đời này qua đời khác, và không tránh khỏi những hạn chế thời gian. Do đó, đức Ðạt Lai Lạt Ma đã không ngần ngại nói rằng: "Nếu khoa học chứng minh là kinh điển sai, thì phải thay đổi kinh điển" (1). Thật là một bài học phá chấp hiếm có trong lãnh vực tôn giáo.
Lẽ dĩ nhiên, tinh thần cởi mở, khoan dung đó đã mang lại cho cả hai bên những phát triển bổ ích. Khoa học mỗi ngày một thêm phong phú nhờ những lý thuyết mới, đôi khi mâu thuẫn nhưng luôn luôn bổ túc cho nhau, mỗi lý thuyết đem lại thêm một phần ánh sáng. Chẳng hạn như quan niệm vũ trụ cơ học của Newton, thuyết tương đối của Einstein và thuyết lượng tử của Bohr và Heisenberg, đã lần lượt làm cho con người hiểu biết thêm về thế giới. Còn đạo Phật sở dĩ trở thành đa dạng và xum xuê như một cây đại thụ, cũng là nhờ ở sự đóng góp của chư vị tổ sư, luận sư và thiền sư như các ngài Phật Minh, Long Thụ, Vô Trước, Thế Thân, Huệ Năng, v.v., đã khai sáng những trường phái phong phú như Trung Quán, Duy Thức, Thiền tông v.v.