Bàn về mục tiêu và đối tượng, chúng ta phải công nhận có những điểm khác biệt giữa khoa học và đạo Phật:
Ðối tượng của khoa học là tất cả những gì có thể quan sát, thí nghiệm và nhận thức được: mọi hiện tượng, tự nhiên hay không, con người và mọi sinh vật, xã hội, v.v., thậm chí khoa học có thể tự nghiên cứu về chính mình. Có thể nói là không có một lãnh vực nào nằm ngoài tầm khoa học, và phạm vi của khoa học mỗi ngày một tỏa rộng.
Nhưng cũng có thể nói là khoa học không có một chủ đích nào ngoài sự hiểu biết mỗi ngày một sâu rộng và chính xác hơn. Tự khoa học không mang lại gì cho con người, ngoài sự hiểu biết. Khoa học đứng một vị trí trung lập và không liên quan gì đến đạo đức, tình cảm. Còn áp dụng khoa học ra sao lại là một vấn đề khác, mà chúng ta sẽ đề cập đến sau.
Ngược lại với khoa học - hay đúng hơn bổ túc cho khoa học - đạo Phật có một mục tiêu nhất định, đó là diệt khổ, là giải thoát. Ðức Phật đã nhấn mạnh : "Này các tỳ kheo, cững như nước biển chỉ có một vị mặn, những điều ta dậy chỉ có một mục đích, đó là giải thoát". Do đó, đạo Phật không chủ trương tìm hiểu tất cả những gì có thể hiểu biết được, mà chỉ đặt trọng tâm vào những gì đưa con người tới diệt khổ và giải thoát.
Và vì quan niệm rằng "Phật tại tâm", cho nên đối tượng của đạo Phật là cái tâm, điều đó rất rõ trong Thiền và Duy Thức. Thay vì nghiên cứu ngoại cảnh như khoa học, đạo Phật chủ trương trở về với "bản lai diện mục". Ðể mượn một hình ảnh, chúng ta có thể so sánh ánh sáng của khoa học như một ngọn đèn chói tỏa khắp nơi, trong khi đó ánh sáng của đạo Phật như một tia laser hội tụ vào một điểm.
Rất có thể đức Phật Thích Ca lấy một thái độ như vậy là vì vào thế kỷ thứ 6 trước CN tại Ấn Ðộ, có nhiều khuynh hướng siêu hình luẩn quẩn trong những giả thuyết không đi tới đâu, trong khi đó khoa học chưa ra đời. Ðối với đức Phật, đời người quá ngắn ngủi để có thể mất thời giờ trong những hoạt động không mang lại lợi ích gì cho mục tiêu chính, tức là giải thoát. Nhưng ngày hôm nay, sau bao nhiêu thế kỷ tiến hóa của loài người, với những sự hiểu biết không ngừng phát triển, có thể nào không tiếp nhận ánh sáng của khoa học? Giữa "biển khổ" mênh mông và "biển học" vô tận, người trí thức Phật tử làm thế nào để chọn lựa? Và liệu có cần chọn lựa?